Don Felipe se tuvo que enfrentar en 1993 a uno de los grandes mazazos de su vida: la muerte de su abuelo, don Juan de Borbón, conde de Barcelona, a los 79 años, víctima de un cáncer de laringe. A pesar de no haber sido nunca Rey y de ser hijo y padre de Reyes, fue enterrado en el Monasterio de El Escorial con honores de monarca. Unos años más tarde, en el 2000, despedía a su abuela, María de las Mercedes de Borbón y Orleans