Los primeros años del matrimonio formado por los Zares fueron los más felices. En 1933, la Zarina daría a luz a su primera hija, la princesa María Luisa (1933), seguida cuatro años después por el príncipe heredero Simeón. La Zarina se dedicó en estos años no solo a su familia, sino también a múltiples obras de caridad, las cuales le sirvieron para granjearse todavía más la simpatía de los búlgaros.
Las negociaciones para el matrimonio entre el Zar búlgaro y la Princesa italiana dieron pues comienzo. Uno de los puntos más complejos era el de la religión de los contrayentes, siendo Juana católica y Boris ortodoxo. Finalmente, y después de que los novios amenazaran él con quedar soltero de por vida y ella con entrar en un convento en el caso de que no pudieran casar, se llegó a un acuerdo por el que el Rey, sin abandonar su fe, se comprometía ante el Papa a criar a sus futuros hijos en la religión católica. El matrimonio se selló con dos ceremonias, primero la católica el 25 de octubre de 1930 en la Basílica de San Francisco de Asís de Roma, y la ortodoxa, unos días después, en Sofía, concretamente en la espectacular Catedral de Alejandro Nevski.